Der Vorläufer des SEK Thüringen wurde im Jahr 1975 gegründet. Diese in Erfurt stationierte Spezialeinheit der DDR-Volkspolizei führte in den 15 Jahren ihres Bestehens rund 30 Einsätze durch. Die Geschichte des in Erfurt beheimateten Spezialeinsatzkommandos (SEK) beginnt mit der Umstrukturierung in den Jahren 1990 und 1991, mit der es an die veränderte Kriminalitätslage und die neuen Aufgabenbereiche angepaßt wurde. Die Einheit aus Thüringen verfügt 1999 über eine Sollstärke von 60 Polizeibeamten.

Von 1991 bis zum Herbst 1999 führte das SEK Thüringen fast 600 Einsätze durch.